La loro presenza è un utile marker sierologico per la diagnosi e il monitoraggio di alcune malattie autoimmuni sistemiche; tra queste rientrano le vasculiti primarie (infiammazione dei vasi), come: Granulomatosi di Wegener; Poliangioite microscopica; Sindrome di Churg-Strauss

Gli ANCA (anticorpi anti citoplasma dei neutrofili) sono suddivisi in due sottoclassi:

C-Anca diretti contro la proteinasi 3 (anti-PR3) contenuta nei granuli azzurrofili dei neutrofili e che danno all’immunofluorescenza indiretta un pattern di tipo citoplasmatico (c)

P-Anca diretti contro la mieloperossidasi (anti-MPO) con fluorescenza perinucleare (p).